지방자치단체로부터 위탁받아 운영하는 청소년센터 운영사업의 법인세 과세대상 여부

비영리법인이 지방자치단체로부터 위탁받은 청소년수련관 운영사업(이하 “해당사업”)을 영위하면서 해당사업에서 발생한 손익이 실질적으로 지방자치단체에 귀속될 경우, 법인세가 과세되지 아니하는 것임

[회신] 귀 질의의 경우 아래 회신사례를 참고하시기 바랍니다. ○ 서면법규과-777, 2014.7.22 비영리법인이 지방자치단체로부터 위탁받은 청소년수련관 운영사업(이하 “해당사업”)을 영위하면서 위・수탁협약에 따라 해당사업에서 발생한 손익이 실질적으로 지방자치단체에 귀속될 경우, 해당사업에 대해서는 법인세법 제2조제3항에 따라 법인세가 과세되지 아니하는 것임 1. 사실관계 ○ 서울시립 ㅇㅇㅇㅇ소년센터(이하“질의법인”이라 함)는 서울시와 ‘청소년 센터 관리운영 위·수탁협약’을 맺고 청소년센터를 운영하면서 - 청소년 및 일반인을 대상으로 수영, 헬스, 평생교육강좌 등을 실시 하고 이용료를 받고 있음 | 【위·수탁협약 주요내용】 ① 해당법인은 수탁재산의 현황에 변경을 가하고자 하는 경우 사전에 ‘시’의 승인을 얻어야 함 ② 수탁사무와 관련하여 해당법인이 설치하거나 구입하는 시설물 및 장비 등은 지체 없이 ‘시’에 기부하고, 수탁재산에 포함하여 대장에 기록하고 관리 하여야 함 ③ 해당법인은 수탁재산에 대한 매수청구권 등 일체의 권리를 주장할 수 없으며, 수탁재산을 제3자에게 권리설정, 양도, 전매, 대여, 교환 하거나 그 관리를 위탁할 수 없음 ④ 해당법인은 사용료 등을 징수하고자 하는 경우, 징수대상, 징수방법, 징수금액 산정기준 등에 대하여 사전이 ‘시’의 승인을 받아야 함 ⑤ 회계연도 종료 후 15일 이내에 ‘시’의 승인을 받은 후 ‘시’에 집행 잔액을 반납하여야 함 ⑥ 해당법인은 위·수탁 기간이 만료되거나 협약이 해지되는 때에는 만료일 또는 해지일로부터 15일 이내에 발생이자 등 부수수입을 포함한 사업비 정산서를 작성하여 ‘시’가 선임한 회계법인 또는 공인회계사의 검토를 받고 그 결과를 ‘시’에 제출하여 ‘시’의 승인을 받은 후 시 사업비 잔액과 수입금을 지체 없이 반환하여야 함 | 2. 질의내용 ○ 비영리법인이 지방자치단체와 위·수탁협약을 맺고 청소년센터를 운영하면서 발생한 수익 전부를 청소년센터 운영에 재투자하고 위탁기간 만료 시 집행 잔액을 반납하는 경우 해당사업의 법인세 과세대상 여부 3. 관련법령 ○ 법 인세법 제3조【납세의무자 】 ① 다음 각 호의 법인은 이 법에 따라 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다. <개정 2010.12.30> 1. 내국법인 2. 국내원천소득(國內源泉所得)이 있는 외국법인 ② 내국법인 중 국가와 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)는 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 없다. <개정 2018.12.24> (이하 생략) ○ 법 인세법 제4조【과세소득의 범위 】 ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다. 1. 각 사업연도의 소득 2. 청산소득(淸算所得) 3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득 ② 제1항제1호를 적용할 때 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의 14제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다. ③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다. 1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조 에 따라 통계 청장이 작성·고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령 으로 정하는 것 2. 「소득세법」 제16조제1항 에 따른 이자소득 3. 「소득세법」 제17조제1항 에 따른 배당소득 4. 주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입 5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다. 6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입 7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령 으로 정하는 것 ○ 법인세법 시행령 제3조 【수익사업의 범위】 ① 법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다. (이하 각 호 생략) ○ 법인세법 시행규칙 제2조 【수익사업의 범위】 「법인세법 시행령」(이하 "영"이라 한다) 제3조제1항 각 호 외의 부분에 따른 사업에는 그 사업 활동이 각 사업연도의 전 기간 동안 계속하는 사업 외에 상당 기간 동안 계속하거나 정기적 또는 부정기적으로 수차례에 걸쳐 하는 사업을 포함한다. 4. 관련예규 ○ 재정경제부 법인세제과-78, 2005.01.30. 비영리법인인 한국해양오염방제조합이 해양수산부로부터 선박폐유수용시설에 대한 관리 및 운영업무를 수탁받아 선박폐유처리업무를 수행하면서 해양수산부에서 승인한 금액의 범위 내에서 선박폐유 배출자 에게 폐유수거료를 징수하고 매 회계연도말에 사업비를 정산한 후 잔 여금액을 해양수산부에 귀속시키는 경우 징수한 선박폐유수거료에 대하여는 법인세법 제2조 제3항 의 규정에 의하여 법인세의 납세의무가 없는 것임 ○ 사전-2018-법령해석법인-0674, 2019.03.28 귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 「환경오염피해 배상책임 및 구제에 관한 법률」 제22조 에 따라 환경부장관이 환경책임보험에 관한 재보험 사업을 OOOOOO기술원(이하 “기술원”)에 위탁하고 같은 법 제35조제1항에 따라 기술원이 환경오염피해구제계정을 설정ㆍ운용하는 경우로서 기술원이 국가로부터 위탁받은 환경책임보험에 관한 재보험사업을 수행하고, 이와 관련된 손익이 전부 국가에 귀속되는 경우에는 같은 법 제35조제2항에 따라 기술원이 보험자로부터 수입하는 재보험료는 수익사업 소득에 해당하지 않는 것입니다 ○ 서면-2016-법령해석법인-5039, 2017.05.29. 비영리내국법인이 국가로부터 위탁받은 사업을 수행하면서 사업집행자금을 지급받고, 사업 종료 후 사업집행자금의 미집행잔액 및 사업기간 중 발생한 이자 등을 포함한 일체의 손익을 정산하여 국가에 반납함으로써 해당 사업의 손익이 전부 국가에 귀속되는 경우 해당 사업은 수익사업에 해당하지 아니하는 것이나, 그 손익의 전부 또는 일부가 비영리내국법인에 귀속되는 경우 해당 사업은 수익사업에 해당하는 것임 ○ 서면법규과-777, 2014.07.22. 비영리법인이 지방자치단체로부터 위탁받은 청소년수련관 운영사업(이하 “해당사업”)을 영위하면서 위・수탁협약에 따라 해당사업에서 발생한 손익이 실질적으로 지방자치단체에 귀속될 경우, 해당사업에 대해서는 법인세법 제2조제3항 에 따라 법인세가 과세되지 아니하는 것임 ○ 법인세과-312, 2011.04.28. 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 사업은 ｢법인세법 시행령｣ 제2조제1항 에 따라 법인세 과세대상인 수익사업에 해당되나, 비영리내국법인이 국가로부터 위탁받은 사업의 손익이 국가에 귀속될 경우에는 해당 사업에서 발생한 손익은 같은 법 제2조에 따라 법인세 과세대상이 되지 아니함 ○ 법인세과-335, 2010.04.08. 비영리내국법인이 지방자치단체와 체육시설 관리 및 운영(이하 “위탁 사업”이라 함)에 대한 위·수탁 계약을 체결하여 동 위탁사업에서 발생 하는 모든 손익이 지방자치단체에 귀속되고 해당 비영리내국법인은 그 위탁사업 대행에 대한 대가로 별도의 성과금을 지급받는 경우 지방자치단체에 귀속되는 위탁사업 수입금액에 대하여는 ｢법인세법｣ 제2조제3항에 따라 법인세 납세의무가 없는 것이나, 위탁사업 대행에 따른 대가로 지방자치단체로부터 지급받는 성과금은 같은 법 제3조 제3항에 따라 해당 비영리내국법인의 법인세 과세대상 수익사업 소득에 해당하는 것임 ○ 서면2팀-2566, 2004.12.08. 비영리법인이 지방자치단체로부터 병원의 운영권과 시설물 사용관리권을 위탁받아 이를 관리·운영하고 실질적으로 지방자치단체에 귀속시키는 수익은 ｢법인세법｣ 제2조제3항 에 따라 법인세가 과세되지 아니함